يرجع تاريخ إنشاء القوات البحرية اللبنانية إلى عام 1950، حيث تم في البداية اعتماد الحوض الأول في مرفأ بيروت كمقر لتمركزها الأول، لتشكل بذلك النواة الأولى لسلاح البحرية في البلاد.

ومع تطور البنية التحتية والعسكرية، انتقلت القوات البحرية في عام 1972 إلى منطقة جونية بعد تسلم المباني المخصصة لقاعدة جونية البحرية. وفي مرحلة لاحقة وتحديداً في عام 1991، استقرت قيادة القوات البحرية في قاعدة بيروت البحرية.

وفيما يتعلق بالهوية البصرية والرمزية للمؤسسة، يتألف شعار القوات البحرية من سفينة شراعية فينيقية يتوسط شراعها الأرزة اللبنانية مع مرساة (ياطر) على محورها، في إشارة إلى الواجهة البحرية للبلاد واستحضاراً للتراث الحضاري الفينيقي.